中华人民共和国出入境检验检疫行业标准
SN/T4853.1-2017
转基因大米定量检测 数字PCR法 第1部分：TT51-1品系
Quantitative detection ofgeneticallymodifiedrice-DigitalPCR-Part 1:Event TT51-1
中华人民共和国 国家质量监督检验检疫总局 发布
前言
SN/T4853《转基因大米定量检测数字PCR法》系列标准共分为7部分：
一第1部分：TT51-1品系；第3部分：科丰6号品系； 第2部分：克稻品系；第4部分：M12品系；第5部分：LL62品系；第6部分：T2A-1品系；第7部分：TTC-19品系.
本部分为SN/T4853的第1部分.
本部分按照GB/T1.1一2009给出的规则起草.
本部分由国家认证认可监督管理委员会提出并归口.
和国吉林出人境检验检疫局. 本部分起草单位：中国检验检疫科学研究院、中华人民共和国上海出人境检验检疫局、中华人民共
本部分主要起草人：陈颖、黄文胜、邓婷婷、聂丹丹、朱水芳、吴亚君、付伟、李想、韩建勋.
转基因大米定量检测数字PCR法 第1部分：TT51-1品系
1范围
本部分适用于稻谷和大米中TT51-1品系特异性的数字PCR定量检测 SN/T4853的本部分规定了稻谷和大米中TT51-1品系的数字PCR定量检测方法.
本方法的定量检测低限（LOQ）为0.1%（质量分数）.
2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的，凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件.凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括的修改单）适用于本文件.
GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法GB/T19495.1转基因产品检测 通用要求和定义GB/T19495.2转基因产品检测 GB/T19495.3转基因产品检测核酸提取纯化方法 实验室技术要求GB/T19495.5转基因产品检测核酸定量PCR检测方法GB/T19495.7转基因产品检测抽样和样方法SN/T1194植物及其产品转基因成分检测抽样和制样方法
3术语、定义和缩略语
3.1术语和定义
下列术语和定义适用于本文件.
3.1.1SPS基因the gene of sucrose phosphate synthase 蔗糖磷酸合成酶基因，大米单拷贝内参照基因，
3.1.2TT51-1转化体特异性序列event-specific sequence of TT51-1
外源DNA插人受体大米基因组后经重组产生的邻接区序列.具体序列参见附录A.
3.1.3
Taq 酶Taq DNApolymerase
源于水生栖热菌的耐热DNA聚合酶.
模板template数字PCR引物/探针扩增检测的特定DNA片段.
3.1.4
3.1.5
在相对标准差不超过25%的条件下，检测方法所能定量的最低转基因成分百分含量.
SN/T 4853.1-2017
3.1.6
质控样品qualitycontrolsample
具有确定的SPS基因和转化体特异性序列拷贝数的TT51-1转化体基因组DNA.3.1.7
微反应体系tinyreaction system
将含有模板、引物/荧光探针、耐热DNA复制酶及其缓冲液充分混匀之后分配至体积相同且相互物理隔离的油包水液滴或其他孔、微室中所形成的小体积荧光PCR反应体系.
3.1.8
转换系数conversionfactor
将转化体特异性序列和内参照基因拷贝数之比转换为转基因成分含量（W/W）时所用系数.3.1.9
荧光标记探针fluorescenlly taggedprobe
在5'末端和3”末端分别连接荧光报告基团和湾灭基团的寡核苷酸.PCR扩增时，Taq酶的5'-3外切酵活性将探针水解，使报告基团和淬灭基团分离，从而释放出荧光信号.
3.2缩略语
下列缩略语适用于本文件.数字PCR：数字聚合酶链式反应（digitalpolymerase chainreaction）DNA：脱氧核糖核酸（deoxyribonuleicacid） dNTP：脱氧核节酸三磷酸（deoxyribonucleoside triphosphate）bp:碱基对（base pair)NC：阴性对照（negaitive control)NTC；空白对照（no template control)PC：阳性对照（positive control)
4防污染措施
数字PCR定量检测过程的防污染措施应符合GB/T19495.2的规定.
5原理
数字PCR（digitalPCR）是在荧光PCR基础上发展起来的基因拷贝数定量检测技术.用于核酸模板应体系充分混匀之后等量均分为相互隔高的大数量（大于10000个）微反应体系，使每个模板独立随机 的绝对拷贝数的测定.通过将含有模板、引物/荧光探针、耐热DNA复制酶及其缓冲液的荧光PCR反地分配至微反应体系中：微反应体系同时在相同的规定条件下进行PCR扩增反应之后，根据设定的荧光阔值判断每个微反应体系的扩增结果：依据微反应体系的阳性率和泊松分布公式计算得到数字PCR反应体系中的模板浓度.
specificgene）的模板浓度之比，得到样品中相应的转基因品系含量. 依据样品DNA溶液中的转化体特异性序列（event specific sequence）和内参照基因（species
6仪器和设备
6.1超纯水发生器（分子生物学级别）.
6.2分析天平：感量0.1g和0.1mg.6.3生物安全柜.6.4PCR扩增仪.6.5数字PCR系统：微反应体系发生器或其他具有同样功能的仪器、微反应体系荧光检测仪或其他具有同样功能的仪器.6.6恒温孵育箱：控温精度土1.0℃ 6.7样品粉碎机：可将大米或稻谷样品磨成60目左右的粉末.6.8核酸定量仪：Nanodrop3000或Modulus检测仪或其他核酸定量检测仪.6.9涡旋振荡仪.6.10 离心机：最大离心加速度大于15000g，并适用0.2mL和1.5mL离心管.6.11移液枪：量程0.5μL~10μL;量程10pL~100μL;量程100L~1000μL
7试剂和材料
除另有规定外，试剂和材料质量应符合GB/T19495.1的要求.
7.1实验用水：应符合GB/T6682中一级水的规格.7.2数字PCR预湿液：含有镁离子、dNTPs和具有5'-3'外切活性的热启动TaqDNA聚合酶的数字PCR专用预混试剂.7.4数字PCR微反应体系生成联排管或芯片.7.596孔荧光定量PCR反应板和封膜.7.60.2mL和1.5mL离心管.7.7 移液枪头，量程0.5μL~10pL;量程10pL~100pL：量程100μL~1000μL.
表1SPS基因和TT51-1转化体特异性序列的引物和探针
PCR扩增扩增基因 名称 序列（5²-3”） 片段长度GAGGTCACCAAGGCTGCCAGTGS 下游引物 GCACTCCTGATTCTTCCAGGCTTC 122 bp探针 VIC-TAGGCTTCCCAGCAGGCAACCAA-BHQ1TTS1-1转化 上游引物 CTAGAGGATCCCGGACGAGTG体特异性序列 下游引物 ATGAGTGGTAGCGTCCAGAAGGAAA 90 bp探针 FAM-CTGGGGCAGATAAGCAGTAGTGGTGGG-BHQ1注1：表中PCR体系中引物/探针的终度可根据每合成批次的验证结果进行适当调整.注2：茨光探针的发光基因应与数字PCR仪的荧光通道匹配，通常用S'-FAM/3-BHQ1或5'-VIC/3'-BHQ1方 式标记注3：新合成的引物/探针干粉进行配制时，先将引物/探针贮存管短智离心，然后开差加纯水溶解，并稀释至10μmol/L后分装，一20C光保存.
