T/ZJSC2025-0021
南美白对虾5种病原快速检测 」重组酶聚 合酶扩增微流控芯片法
Rapid detection of five pathogens in Litopenaeus vannamei-Rebinasepolymerase amplification integrated microfluidic chip method
浙江省水产学会 发布
前言
起草. 本文件按照GB/T1.1-2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定
请注意本文件的某些内容有可能涉及专利.本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任.
本文件由浙江省水产学会提出并归口.
本文件起草单位：宁波大学、浙江省海洋水产养殖研究所.
本文件主要起草人：周前进、陈炯、闫茂仓、王瑶华、陈琛、冀德伟.
南美白对虾5种病原快速检测重组酶聚合酶扩增微流控芯片法
1范围
本文件规定了南关白对虾5种病原快速检测的原理、材料和试剂、仪器与设备、检测步骤、结果判定、生物安全.
本文件适用于南关白对虾急性肝胰腺坏死病致病弧菌、白斑综合征病毒、传染性皮下及造血器官坏死病毒、对虾十足目虹彩病毒、虾肝肠胞虫5种病原的快速检测.其他水生动物可参照执行.
2规范性引用文件
仅该日期对应的版本适用于本文件：不注日期的引用文件，其最新版本（包括的修改单）适用于本 下列文件中的内容通过文中的规范性引用面构成本文件必不可少的条款.其中，注日期的引用文件，文件.
GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法 GB19489实验室生物安全通用要求GB/T25878对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒（IHHNV)检测PCR法GB/T27401实验室质量控制规范动物检疫 GB/T28630.2白斑综合征（WSD）诊断规程第2部分：套式PCR检测GB/T41521多指标核酸恒温扩增检测微流控芯片通用技术要求SN/T5195对虾急性肝胰腺坏死病检疫技术规范SN/T5336猪瘟病毒及非洲猪瘟病毒检测微流控芯片法 SC/T7237虾虹彩病毒病诊断规程DB33/T2492虾肝肠胞虫核酸检测技术规范
3术语、定义和缩略语
3.1术语和定义
本文件没有需要界定的术语和定义.
3.2缩略语
下列缩略语适用于本文件.
Vama致急性肝胰腺坏死病弧菌（acute hepatopancreatic necrosis disease-causing Vibrio spp.）WSSV:白斑综合征病毒（white spot syndrome virus） IHHNV：传染性皮下及造血器官坏死病毒（infectious hypodermaland hematopoietic necrosisvirus)EHP：虾肝肠胞虫（Enterocytozoonhepatopenaei) SHIV：对虾十足目虹彩病毒（shrimp hemocyte iridescentvirus）THF：四氢映嘀（tetrahydrofuran）FAM:5-羧基荧光素（5-carboxy fluorescein）BHQ1:荧光淬灭基团（blackhole quencher 1） RPA:重组酶聚合酶扩增（rebinasepolymerase amplification）TrisHCl：三羟甲基氨基甲烷盐酸盐（Tris（hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride）SDS：十二烷基硫酸钠（sodium dodecylsulfate） EDTA:乙二胺四乙酸（ethylenediaminetetraacetic acid)TrisEDTA缓冲液：Tris-EDTA缓冲液 （Tris-EDTA buffer)
RPA是一种在恒温条件下进行的核酸扩增技术.通过重组酶、单链DNA结合蛋白和链置换DNA聚合酶协同作用，实现目标核酸序列的快速扩增.反应体系中使用特异性引物和带有荧光-淬灭标记的探针，当探针与目标序列结合并经酶切断裂后，荧光基团与泽灭基团分离，产生荧光信号.
本方法针对南美白对虾的五种主要病原：V、WSSV、IHNY、SHIV和EHP分别设计了特异性引物和探针，固定于微流控芯片相应的反应池内.检测时，将提取的核酸模板与RPA反应试剂预混后加入芯片，在恒温条件下完成扩增反应.若样品中存在靶核酸，则芯片内相应反应池会产生可检测的荧光信号，其曲线特征（如阔值时间与上升趋势）用于判断检测结果.
5材料和试剂
5.1材料
5.1.1微流控芯片：4X8离心式微流控芯片，5uL/反应池.
5.1.2其他耗材：热封膜、封口膜、不含DNA的移液器吸头（10L、100uL、1000μL）、不含DNA的离心管（1.5mL、2ml）.
5.2试剂
本文件中化学试剂，除非另有规定，仅为分析纯试剂.
5.2.1实验用水符合GB/T6682要求的一级或二级水.
5.2.2核酸提取试剂，包括抽提缓冲液、20mg/mL蛋白酶K、Tris饱和酚、10mol/L乙酸铵、Tris-EDTA 缓冲液（见附录B），或使用等效的商品化试剂盒.
5.2.3阴性对照、阳性对照、内参对照.
a）阴性对照：不含核酸的无菌水：b）阳性对照：从感染目标病原的虾组织提取的核酸或人工合成的含有目标核酸序列的DNA片段：c）内参对照：含一段随机设计的，非病原序列的质粒及其配套引物和探针.质粒DNA、引物、探针
预置于芯片反应池中.
5.2.4RPA反应试剂：30ng/uL Bsu DNA聚合酶、120ng/uLrecA重组酶、30ng/μL ExoIII、90ng/μL单链结合蛋白、1mmol/LdNTP、100mmol/LTricine、5mmol/L二硫苏糖醇、100ng/uL肌酸激酶，保存于200口L反应管中冻干，也可采用等效的商品试剂盒.
5.2.5280mmol/L醋酸镁溶液.
5.2.610umol/L上游引物、10umol/L下游引物、10μmol/L探针.合成的引物经聚丙烯酰胺凝胶电 泳（PAGE）或高效液相色谱（HPLC）纯化，探针经HPLC纯化.引物与探针序列见附录A.
6仪器与设备
6.1微流控芯片核酸检测仪.
6.2高速离心机：能够降低至4C，最大转速可达12000rpm
6.3天平：感量0.01g.
6.4恒温金属浴或水浴锅：100℃土1℃.
6.5低温冰箱：-20℃.
6.6控温摇床：-15℃~80℃，±0.1C：能满足转速180rpm~220rpm，振幅择20mm~25mm（回 炭式）：
6.7移液器：量程：0.5μL~10μL、10μL~100μL、100μl~1000μL.
6.8无菌1I级生物安全柜.
7检测步骤
7.1样品采集与准备
采样数量、采样方法、运输与保存应符合GB/T 28630.2、GB/T 25878、DB33/T 2492、SN/T5195、SC/T7237的要求.
7.2DNA提取
7.2.1取10mg～50mg组织样品或粪样，加入抽提缓冲液500uL，充分研磨，37C温浴1h.
7.2.2加入2.5uL20mg/mL的蛋白酶K，充分混匀后50C水浴3h，期间颠倒混匀.
7.2.3将溶液冷却至室温，加入等体积的Tris饱和酚，颠倒混匀10min，10000rpm离心5min，分离水相和有机相.
7.2.4水相移至新的1.5mL离心管中，加入等体积的酚/氯仿/异戊醇（25：24：1），颠倒混匀10min， 10000rpm离心1min分离水相和有机相.
7.2.5水相移至新的1.5mlL离心管中，加入等体积的氯仿/异戌醇（24：1），颠倒混匀10min，10000rpm离心1min分离水相和有机相，
7.2.6水相移至新的1.5mL离心管中，加入100uL10mo1/L乙酸铵，混匀后，再加入2倍体积（-20℃） 预冷的无水乙醇混匀，-20“C静置2h.10000rpm离心10min，弃上清.
7.2.770%乙醇洗涤沉淀2次，每次，10000rpm离心5min，弃上清.无色透明的DNA沉淀于室温晾干.
7.2.8加入100uL无菌水溶解DNA，备用，或者溶解于100uL无菌的Tris-EDTA缓冲液并保存于-20℃.
7.3重组酶聚合酶扩增微流控芯片检测
7.3.1微流控芯片的制作修改参考大黄鱼
a）微流控芯片的制作应符合GB/T41521的规定.
照5：5：3的体积比，进行配制：配制后，稀释10倍，制成引物和探针预混液. b）引物和探针预混：上游引物（10μmol/L）、下游引物（10μmol/L）、探针（10μmol/L）按
c）引物包埋：在无菌Ⅱ级生物安全柜内，使用移液器将2.6u1引物和探针预混液精准滴加至微流控芯片的指定反应池中，每个反应池对应一个特定靶基因，完成点布后，于室温下自然干燥约30min.干燥完成后，使用热封膜进行封装，制备成微流控芯片.
注：用于内参对照的质粒与其配套引物和探针同步滴加至预设的内参反应池中，芯片需在避光条件下运输和保存.
7.3.2反应体系构建
30μL反应体系，包括RPA反应试剂17.6μL、280mmo1/L的醋酸镁1.5uL、DNA模板1.5uL，不含核酸的无菌水9.4uL.在冰浴条件下，将各组分加入1.5mL离心管，充分涡旋混匀后瞬时离心.
7.3.3加样与封片
封口膜处气泡，确保封口膜完全贴合密封. 将配制的反应体系全部加入到微流控芯片的加样孔，用封口膜封住加样孔与排气孔，使用刮片赶走
7.3.4RPA反应与检测
将封好膜的微流控芯片迅速放置于适配的微流控芯片核酸检测仪，按1600rpm低速离心10s，4600rpm高速离心30s，39C等温扩增20min.
8结果判定
