中华人民共和国国家标准
GB/T 37872-2019
目标基因区域捕获质量评价通则
Guidelines for validation of next-generation targetregion sequencing
中国国家标准化管理委员会 国家市场监督管理总局 发布
前言
本标准按照GB/T1.1-2009给出的规则起草.
本标准由国家标准物质研究中心提出并归口.
华大智造科技有限公司、深圳华大基因科技有限公司、深圳华大临床检验中心有限公司、艾吉泰康生物 本标准起草单位：深圳华大生命科学研究院（原深圳华大基因研究院）、中国计量科学研究院、深圳科技（北京）有限公司.
本标准主要起草人：耿春雨、王品、傅书锦、郝世杰、刘心、蒋慧、牛春艳、蔡万世、李雅乔、杜佳婷、李倩一、李岱怡、谢强、唐美芳、刘继龙、王瑞超.
目标基因区域捕获质量评价通则
1范围
本标准规定了基于液相捕获技术的目标基因区域捕获质量评价的术语和定义、质量要求和评价方法.
本标准适用于应用高通量基因测序对人类基因组DNA样本进行目标基因区域捕获的质量评价.
本标准不适用于单分子测序.
2规范性引用文件
件.凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括的修改单）适用于本文件. 下列文件对于本文件的应用是必不可少的.凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文
GB/T29859-2013生物信息学术语
3术语和定义、缩略语
3.1术语和定义
GB/T29859-2013中的某些术语和定义. GB/T29859一2013界定的以及下列术语和定义适用于本文件.为了便于使用，以下重复列出了
3.1.1
Sbas 测定氨基酸或者核苷酸序列的过程.[GB/T 29859-2013.定文2.4.13]
3.1.2
外显子exon
真核生物基因的一部分，在剪接后会被保留在成熟核糖核酸分子中的序列.[GB/T29859-2013.定文2.2.8]
3.1.3
[GB/T29859-2013，定义2.2.20] 真核生物基因的一部分，在剪接后未被保留在成熟核糖核酸分子中的序列.
胚系突变germlinemutation
遗传自父本、母本或者在胚胎形成时期产生的基因突变.
3.1.5
发生于胚胎形成时期之后，只存在于特定组织部分细胞中的细胞特异性突变.
3.1.6
目标基因区域捕获targetregion capture
对一个或多个基因的核苷酸序列定制目标基因区域特异性探针，与基因组DNA进行杂交，并富集目标基因DNA片段的过程.
3.2缩略语
下列缩略语适用于本文件.DNA：脱氧核糖核酸（deoxyribonucleic acid）
4质量要求
4.1总则
目标基因区域捕获质量要求由测序统计后的平均测序深度、测序覆盖度、捕获特异性确定.
4.2平均测序深度
胚系突变检测的目标基因区域平均测序深度应大于或等于60倍，体细胞突变检测（等位基因類率≥5%）的目标基因区域平均测序深度应大于或等于200倍，体细胞突变检测（1%≤等位基因频率<5%）的目标基因区域平均测序深度应大于或等于500倍. 4.3测序覆盖度 胚系突变检测的测序覆盖度在60倍平均测序深度条件下应满足表1的要求，体细胞突变检测（等位基因额率≥5%）的测序覆盖度在200倍平均测序深度条件下应满足表2的要求，体细胞突变检测（1%≤等位基因赖率92%0 ≥80%>≥65%
表2体细胞实变检测的测序覆盖度要求（等位基因频率>5%）
测序覆盖度目标基因区城覆盖深度≥1倍 >99 1%98%10信 >97.5%20 倍 >97%001 75%
表3体细胞突变检测的测序覆盖度要求（1%≤等位基因频率10倍 98%>20倍 >97%100倍 >90%
4.4捕获特异性
大于10Mb的目标基因区域探针捕获特异性应不低于45%，小于或等于10Mb的目标基因区域探针捕获特异性应不低于12%.
注1：目标基因区城不包含侧翼序列区域，注2：按照比对的喊基数据量进行统计.注3：针对目标基因区城较为特殊的（如目标基因区域较小或包含基因组重复序列）可视重复区域长度对该指标进 行调整.
5评价方法
5.1试验材料
采用人源基因组DNA.
5.2文库制备
根据高通量基因测序平台的文库长度、产量、浓度等要求，按照对应的目标基因区域捕获建库流程进行操作.
